明朝中晚期进行的一系列的吏治改革尝试，都是在内阁的谋划与推动之下进行的，改革的力度与成效不仅与当时的首辅大臣的权势、个性特点息息相关，更与内阁本身在整个明朝建置的运作地位紧密相连。因此要探讨明中晚期的吏治改革，内阁本身的制度特点是首要阐述的一环。明内阁在宰相制度被废除后，为弥补皇帝与官僚集团因缺少辅臣而产生的断裂带而进行的新型辅臣系统的尝试。模仿宋朝制度，“置殿、阁大学士以备顾问”，“协赞政事”而建立的顾问机构，在经过洪武初探，永乐“特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参预机务”而最终设定和确立。
内阁的职权自设立之始就不断的发展变化，由最初的作为皇帝决策顾问，到参与政事，再到地位提高代王行政，行使部分宰相权力，最后到无宰相之名却有宰相之实的阶段。内阁不同于宰相，虽然内阁经过逐步的发展完善至明中晚期的时候同样具有了中枢辅政的职能，但缺乏封建管理系统中法定的行政权力，不能够合法的获得法律上的行政支持，而是在制度上与官僚相分离的辅政机构，其权力运作的来源在于票拟。
这种外廷章奏先上奏给皇帝，皇帝阅后再交付内阁，由内阁大学士以皇帝的名义提出处理建议，用小票墨书附在章奏上再上奏给皇帝，由皇帝对处理意见进行裁夺，后发各衙门执行的权力运作模式，使票拟制度在权力运作上依附于皇权，皇帝有权对阁臣提出的处理建议“留中”，或“改票”，或使其成为“中旨”。相权的分流，使内阁拥有了参与机务的职能，但决定权的缺失使相权在整个明朝始终未成为法定的最高行政机构，其对政治的干预也永远拿不到台面上来。正如万历时的阁臣叶向高曾所说的那样“祖宗设立阁臣不过文学侍从，而其重亦止于票拟。
其委任权力与前代之宰相绝不相同。夫以无权之官，而欲强作有权之事，则势固必败；以有权之事，而必责于无权之官，则其望更难酬，此从来阁臣之所以无完名也。”。内阁自身的非行政化的设置特色，使得阁臣的权力发挥的伸缩性一方面依附于皇帝的信任程度一方面也取决于阁臣自身的政治权术。内阁不是政府机构中一个独立的正式衙门，不是制度化、法律化的行政机构，与具有相权职能的中书省不同，内阁并不能直接控制部院，体制限定它只是一个止备咨议的秘书机关，只是皇帝与文官集团的联系中介，因此阁权相比较原来的相权对皇权拥有着更高的依附性，阁权的大小及其参预中枢事物的权限，都取决皇帝对内阁的授权程度，因此内阁的权力具有临时性、不确定性与伸缩性的特点。内阁在明朝政治体系中的制度性缺陷，使得阁权始终处在一种不稳定的状态之下。皇帝对阁臣行政权力的认可完全取决于票拟内容的称意与否。
随着明后期内阁制度的不断完善，为有效的制约内阁预政，赋予了内宫宦官司礼监“代帝批朱”的大权。所有章奏除御笔亲批数本外，皆众太监分批，通过宦官的“批红”权来牵制内阁的“票拟”权，从权力牵制的目的，形成了明代独特的中央双轨内外两宫并行辅政体制，在这个皇权、内阁、司礼监构成的权力三角中，处于核心地位的皇权牢牢的控制着内阁和司礼监，使内阁与司礼监以竞争与协作的符合关系保证皇权的独一无二。“监阁一体”的政治模式，决定了改革者要想实现自己的政治抱负，必须妥善的处理好与皇帝、宦官集团、文官集团的关系。
通过上述内阁制度的阐述，不难看出明朝的内阁制度发展的中晚期呈现出以下特点：一是阁权始终是皇权的延伸，缺乏稳定的制度性保障。阁权是皇权的影射，中晚期推动吏治改革的内阁大臣们推动改革的原动力来自于皇帝的个人授权，而不是来自于政治体系的制度设计。皇帝个人对改革者的信用额度决定了改革者所拥有的改革权限。通过高拱、张居正两位阁臣后来的遭遇就可以窥探到。为了争取到皇帝的支持与信任身为内阁首辅的大臣们可谓是煞费苦心。例如张居正在万历皇帝刚刚登基之时就以“顾托之恩”，自矢“谊当以死报国”。
二是阁臣们推动改革的方式具有隐蔽性与迂回性的特点。制度的设计留给明中晚期改革者的权力空间非常有限，通过高拱、张居正、申时行三位首辅阁臣的改革实践以及后来不同的人生遭遇来看，改革者要想实现自己的政治意图能够采取的策略是要么通过表达对立意见，对皇帝的行为或者对宦官集团的参政表示异议，对皇帝产生一种劝戒；要么是对皇帝采取遵从的态度，亲近宦官，扩大改革者的权力张力。因此改革者的权术策略、阁权的运用方式又成为我们探讨明中晚期吏治改革不可缺少的一环。
阁权与皇权之间的媒介是票拟，而宦权与皇权之间的媒介是朱批，票拟权与朱批权相互制约，既共生又相互斗争，在这种情况下，内阁为求得自身的生存和发展，内阁首辅要想实现自己的改革意图，必须要同宦官集团不断的周旋、妥协与合作，这就不难理解当时的世人评价“近代宰相不由中人援引，则是营求而得。”
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